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益生菌的特性是由其基因決定的，故可以利用現(xiàn)有的在壓力脅迫下培養(yǎng)的細菌的基因庫，或是在抗性突變體中特異性表達的基因，來產(chǎn)生食品級的益生菌突變體?？衫檬称芳壍馁|(zhì)粒，將外源DNA整合到目標菌的染色體上，并且利用調(diào)節(jié)系統(tǒng)來進行修飾。通過這種方法，可以得到在不利環(huán)境下（比如食品加工過程）更有活力的益生菌。但是，目前的立法對于食品安全設置了很高的標準，而目前消費者對于食品中基因修飾微生物的存在和應用比較排斥，所以這種方法在未來可能不會很可行。

益生菌的特性是由其基因決定的，故可以利用現(xiàn)有的在壓力脅迫下培養(yǎng)的細菌的基因庫，或是在抗性突變體中特異性表達的基因，來產(chǎn)生食品級的益生菌突變體?？衫檬称芳壍馁|(zhì)粒，將外源DNA整合到目標菌的染色體上，并且利用調(diào)節(jié)系統(tǒng)來進行修飾。通過這種方法，可以得到在不利環(huán)境下（比如食品加工過程）更有活力的益生菌。但是，目前的立法對于食品安全設置了很高的標準，而目前消費者對于食品中基因修飾微生物的存在和應用比較排斥，所以這種方法在未來可能不會很可行。

一種保持益生菌活性的可行方法是將細胞包埋到保護性的結(jié)構(gòu)中，使它們在不利環(huán)境下的存活得到改善。與未被包埋的細胞相比，被包埋的細胞在體外胃腸環(huán)境下的存活有所改善，而且它們的保護性外殼能夠使它們在食品體系中更好的存活。不過，在很多情況下，無法清楚地證明細菌究竟是完全被包埋在保護性外殼中，還是僅僅黏附在保護性化合物上。

冷凍被用于制造冷凍菌粉作為最終產(chǎn)品或是制造用于后續(xù)冷凍干燥過程的中間產(chǎn)品。冷凍速率對于達到高存活率非常重要，但是冷凍速率對不同的微生物的作用差別很大。據(jù)推測，冷凍速率主要影響冰晶的大小和晶核形成晶體生長的位點，這些最終決定了冷凍細胞損傷的 類型及玻璃化是否發(fā)生。據(jù)報道，快速冷凍（-196℃冷凍）對于微生物存活率及儲存穩(wěn)定性 有益。

干燥也是被廣泛應用的一種保護細菌細胞的方法，盡管這個過程本身以及隨后的儲存會造成菌體大量死亡。與冷凍細菌相比，干燥細菌不需要低溫保存。此外，脫水可以顯著降低產(chǎn)品的重量。但是據(jù)報道，干燥細胞酸化開始前的時間延遲比冷凍細胞長。干燥過程中活性的損失跟細胞壁和細胞膜的損傷有關(guān)，因此，干燥的細胞對N aCl更敏感。細胞膜的損傷可以通過β-半乳糖苷酶底物的滲透，細胞中DNA 酶擴散率的提高以及紫外吸收物質(zhì)從細胞中的滲漏檢測到。干燥過程中使用的保護性化合物主要是糖類，糖類的保護作用跟脫水過程中糖形成高粘性的玻璃狀結(jié)構(gòu)有關(guān)。細菌的干燥方法包括冷凍干燥、真空干燥、噴霧干燥和流化床干燥，目前大部分干燥細菌的制備是通過冷凍干燥完成的。冷凍干燥的操作條件溫和，損傷程度小。但是，冷凍干燥過程存在一些缺點，比如加工時間長，能源消耗大。許多研究者致力于尋找替換的干燥方法。噴霧干燥是其中比較有前景的一種生產(chǎn)干燥益生菌制品的方法，它可以提高加工速度，降低操作成本，并保持較高的存活性。酵素粉便是由酵素液噴霧干燥而成的。

儲存條件（儲存溫度、濕度、包裝材料等等）能夠極大地影響益生菌制品的穩(wěn)定性。一般冷凍和干燥的制品更適于低溫下儲存以保持菌體活性。儲存溫度降低時，益生菌制品的貨架期能夠顯著延長；低于-80℃的低溫能有效保持益生菌的高活性。當干燥益生菌制品長時間儲存時，相對低的濕度（11%~ 22% ）能夠增強細菌的穩(wěn)定性。當細菌暴露于氧氣中時，細胞膜上的不飽和脂肪酸會發(fā)生氧化導致膜變質(zhì)。據(jù)報道，氧化過程是由殘留濕度增大激活的，可以通過將干燥益生菌儲存在缺氧條件下有效的抑制氧化過程。包裝材料也是影響儲存過程中益生菌活性的重要因素。與玻璃瓶相比，PET瓶的透氧性相對較高。